4 programmes doctoraux sont organisés conjointement entre EMLYON et les Universités lyonnaises Lyon II Lumière et Lyon III Jean Moulin.
Pour les conditions d'admission à ces programmes se référer aux sites web des universités.
Master ès Sciences du Management "Programme de Recherche Stratégie, Management et Finance Organisationnelle". Université Jean Moulin, Lyon III Master en Management Socio-Economique "Programme de Recherche Gestion Socio-Economique des Entreprises et des Organisations". Université Jean Moulin, Lyon III Master Finance Spécialité "Monnaie, Finance et Economie Internationale". Université Lumière Lyon II, Master Economie et Management Spécialité "Economie de l'Emploi et des Ressources Humaines" Université Lumière Lyon II,
Master ès Sciences du Management "Programme de Recherche Stratégie, Management et Finance Organisationnelle". Université Jean Moulin, Lyon III
Master en Management Socio-Economique "Programme de Recherche Gestion Socio-Economique des Entreprises et des Organisations". Université Jean Moulin, Lyon III
Master Finance Spécialité "Monnaie, Finance et Economie Internationale". Université Lumière Lyon II,
Master Economie et Management Spécialité "Economie de l'Emploi et des Ressources Humaines" Université Lumière Lyon II,